Program Pascasarjana Institut Agama Islam (IAI) Tribakti Kediri Didirikan Berdasar Surat Keputusan Rektor IAI Tribakti Kediri Nomor : 029/SK/K.1/408/2003 Tertanggal 23 Maret 2003. Sejarah Pendiriannya Tak Bisa Dilepaskan Dari Keberadaan IAI Tribakti Karena Memang Berada Di Bawah Naungannya. Sebagaimana Perguruan Tinggi Lain, Gagasan Pendirian Program Pascasarjana inipun diharapkan dapat menjadi sarana percepatan penyedian sumberdaya manusia yang paripurna terkait dengan kiblat keilmuwan Islam. Dengan demikian, kelak IAI Tribakti dapat menjadi penyumbang yang berarti bagi pemenuhan kebutuhan sumberdaya pembangunan yang menguasai berbagai taori dalam kelilmuwan Islam serta memiliki ketrampilan analisis terhadap berbagai fenomena untuk kemajuan bangsa.
Pendirian Program Pascarjana IAI Tribakti juga didasarkan kepada realitas bahwa telah banyak lulusan sajana strata satu tentang ilmu keislaman di Kediri dan sekitarnya, sementara belum ada program pascarjana yang dapat dituju oleh sarjana tersebut untuk stdi lebih lanjut.
Mengingat mayoritas sarjana strata satu tersebut berlatar belakang Program Studi Pendidikan Agama Islam, maka program studi yang didirikan oleh Program Pascasarjana IAI Tribakti Kediri adalah Manajemen Pendidikan Islam, melalui surat Keputusan Rektor nomor: 032/SK/K.1/408/2003 tertanggal 20 April 2003.
Program Studi Manajemen Pendidikan Islam Program Pascasarjana IAI Tribakti mendapat izin operasional dari Departemen Agama RI memalui Surat Keputusan Direktur Jenderal Kelembagaan Agama Islam nomor : Dj.II/270/2004 tertanggal 18 Agustus 2004. Surat Keputusan ini diperpanjang dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama Republik Indonesia nomor : Dj. I/266/2007 tertanggal 2007. Dalam perkembangannya, Kementerian Agama juga menetapkan perubahan Program Studi dari semula Manajemen Pendidikan Islam menjadi Pendidikan Islam. Terakhir sejak Juni 2013 Program Pascasarjana IAI Tribakti Kediri resmi berubah nama Program Studi menjadi Pendidikan Agama Islam dan telah terakreditasi BAN PT Nomor: 314/SK/BAN-PT/Akred/M/I/2018 tertanggal 16 Januari 2018 dengan peringkat A